Institute sind Teile der Hochschule, die wissenschaftlichen Arbeiten wie der Forschung oder der Lehre dienen. Der Schwerpunkt der Institute der HS Emden/Leer liegt in der angwendungsorientierten Forschung, häufig in Zusammenarbeit mit Unternehmen. Zudem ermöglichen sie Studierenden, an Forschungsarbeiten in Form von Studien-, Bachelor- oder Masterarbeiten mitzuarbeiten.